Itsams organisation baseras på avdelningschefer som har ett linjeansvar när det gäller utveckling, planering, ekonomi samt personal. Respektive chef har även ett processansvar för respektive frågor som gäller för hela Itsam. Itsams två huvudprocesser är driftprocessen och utvecklingsprocessen.
Itsams organisation och verksamhet är indelad i fyra avdelningar:
Stab
Drift
Teknik och säkerhet
Tjänsteutveckling
Det ligger i alla medarbetares ansvar att vara delaktiga i och arbeta för Itsam som helhet.
Inom service har vi navet, vår Servicedesk, som varje dag hanterar ärenden från användare som behöver hjälp eller råd. Serviceteknikerna ger stöd och support på plats hos kommunernas verksamheter. System och Nät ser till att driften fungerar stabilt och säkert. De arbetar förebyggande och har kontroll över nät, system, lagring och servrar.
Staben är förbundets stödavdelning. I staben ingår också områdena ekonomi, arkiv och dataskyddsombud.